Nhân vật chính trong Tội ác bẩm sinh là Shiva – một nhân viên văn phòng ngoan hiền đang làm việc tại phòng Tình báo quốc gia có trình độ IT siêu đẳng, cùng với đủ loại bằng cấp. Shiva đã sáng tạo và phát triển ra một phần mềm có khả năng phát hiện những cuộc điện thoại có nội dung gây nguy hại đến an ninh quốc gia. Chính phát minh này đã khởi nguồn cho hành trình truy lùng kẻ sát nhân áu lạnh, lấy nỗi đau của người khác trở thành niềm vui cho mình.

Trong một đêm nọ, Shiva tình cờ nghe được điện thoại của một cô bé trung học với giọng đầy sợ hãi, cô bé cảm thấy hình như đang có người lạ trong ngôi nhà mình. Shiva rất lo lắng và đã nhờ một nữ cảnh sát là bạn mình đang ở gần đó đến nhà cô bé để tìm hiểu rõ vụ việc. Thế nhưng lòng tốt của anh chàng IT siêu đẹp trai đã khiến nữ cảnh sát bỏ mạng, sáng hôm sau báo đài đưa tin cả hai đã bị sát hại một cách dã man, thi thể của họ bị cắt ra làm nhiều mảnh và trộn lẫn lại với nhau. Đau đớn, hối hận, phẫn nộ đã khiến Shiva quyết tâm tìm ra hung thủ và bắt hắn phải trả giá. Cuộc chiến giữa Shiva và kẻ biến thái khá căng thẳng khi một kẻ đứng trong bóng tối và người còn lại ở ngoài ánh sáng, trong tay không hề có dấu vết để tìm ra hung thủ. Nhưng bù lại anh có được sự hỗ trợ đắc lực của khoa học kỹ thuật.