Hấp dẫn của bộ phim Thần y Huh Joon không chỉ là câu chuyện thực về cuộc đời đầy gian truân, vất vả và nhiều thăng trầm của Huh Joon (1546-1615), một vị thái y nổi tiếng vào triều đại Chosun, thế kỷ 16. Thần y Huh Joon còn cuốn hút khán giả khi đan xen vào số phận bi tráng của một con người truyền thuyết là những câu chuyện về tình yêu và danh vọng.

Là con trai của tỳ thiếp, nên dẫu thông minh chăm chỉ, nhưng Huh Joon cũng buộc phải từ bỏ con đường khoa cử vì sự phân biệt địa vị xã hội của chế độ phong kiến Triều Tiên. Chàng trai trẻ Huh Joon bồng bột, nóng nảy đã có lúc trở thành đại ca của bọn buôn lậu dược liệu, cho đến ngày gặp gỡ tiểu thư Da-hee.

Yêu và được yêu, Huh Joon quyết tâm mang đến cho Da-hee một cuộc sống hạnh phúc. Huh Joon từ bỏ những chuyến buôn lậu, nỗ lực học tập để trở thành thầy thuốc giỏi, không chỉ để cứu giúp người mà còn để thoát khỏi vị trí xã hội thấp kém bị rẻ rúng.

Từ một người giúp việc trong nhà của một thầy lang nổi tiếng, Huh Joon trở thành một thầy thuốc giỏi nhờ nỗ lực và say mê học tập, nghiên cứu.Cuối cùng thì tài năng của Huh Joon cũng được thừa nhận, ông được mời vào hoàng cung và trở thành thái y của triều đình vào thời vua Seon Jo trị vì. Khi quân Nhật xâm lược Triều Tiên năm 1592, ông chính là người chăm sóc nhà vua cho tới phút cuối cùng. Chiến tranh chấm dứt, ông được phong tước năm 1604 và trở thành Thần y năm 1606.

Tuy nhiên tước vị Thần y bị phế truất do sự phản đối của một số triều thần cao cấp, và khi nhà vua Seon Jo vừa băng hà thì Huh Joon cũng liền bị triều đình thải hồi… Trong thời gian bị lưu đày, ông đã đúc kết công trình nghiên cứu 16 năm để viết cuốn sách y học huyền thoại Kho tàng thuốc Đông y (Dong Yi Bo Gam), được hoàn thành năm 1610. Cuốn sách này đến nay vẫn tiếp tục được dịch và xuất bản ở nhiều nước, hầu hết những người theo ngành đông y đều biết về cuốn sách này.