Pokemon Movie 3 Spell Of The Unknown – Đế Vương Của Tháp Pha Lê Entei câu chuyện bắt đầu khi một vị giáo sư đang thu thập những mẩu chữ tượng hình là các pokemon biểu tương Unknow những loài pokemon cổ đại chỉ có ở trong những hầm mộ xưa.

Nhưng rồi vị giáo sư ấy đã biến mất để lại cô con gái Molly. Molly vì muốn gặp lại người mẹ của mình lên đã tìm các kí tự Unknow để ghép chúng và thực hiện điều ước Entei được triệu hồi đại diện cho các Unknow.

Nhưng chưa thực hiện được điều ước đó thì Entein đã đưa Molly đến thế giới của mình và bắt cóc một cô gái Delia dùng thuật thôi miên để giả cô thành mẹ Molly. Tại sao Entei lại bắt cóc Molly và phải cố gắng kiếm người mẹ giả cho Molly như vậy.